目前，农民工参加养老和医疗保险还存在比较突出的问题。其中，既有农民工就业状态不稳定而难参保等客观存在的问题，也有农民工对现行制度缺乏信任，用人单位怕参保增加人工成本，地方政府担心推进农民工参保会影响本地投资环境等主观方面的问题，还有现行制度不适合农民工(如门槛高、难转移等)方面的问题。
在城镇就业的大多数农民工没有稳定工作。据原劳动和社会保障部调查，农民工在一个单位工作以上的只占20％～30％。由于技能不高，又面对工资低、劳动强度大，且受到不平等对待，为寻找更好工作机会，多数人频繁流动。这一方面使经办的工作量倍增；另一方面，在农民工社保关系不便转移的情况下，增加了管理难度，凸现现有的信息系统不能适应需要；此外，高流动性还导致单位和本人都缺乏参保积极性，也给劳动保障部门缴费基数核定及监察执法等工作带来困难。
农民工对现行社会保险制度缺乏信任，对自己以后能否享受养老待遇心存疑虑和担心。由于现行养老保险制度规定按月享受基本养老金的最低缴费年限为15年，而农民工流动频繁，如果不能实现转移接续，多数很难达到该年限标准。有的地方还规定退休前5年必须到该地参保，这实际上把农民工的养老问题排除在外。所以农民工在离开参保地时普遍不愿将钱放在社保机构，一般都选择退保。这实际反映出农民工对现行社会保险制度的不了解和不信任。农民工所在单位多为民营企业、外资企业、乡镇企业以及个体工商户，主要集中在建筑、餐饮、服装等技术含量较低的劳动密集型行业。这些用人单位为追求利润，千方百计减少人工成本，主观上也不愿为农民工参加社会保险，强调企业技术含量低，产品附加值不高，只能维持低成本竞争，如果按照城镇企业社会保险办法为农民工缴纳社会保险费，单位负担过重，担心会因此影响本企业的市场竞争力和经济效益。
一些地方政府对推进农民工参保也有顾虑，主要担心缴费会影响本地的投资环境，把好不容易招商引资引来的资方吓跑了，从而影响本地的经济发展和为官一任的政绩。
现行制度主要是针对城市原国企职工设计的，明显不适合农民工。主要表现在以下几点。
1.费率过高。由于承担国有企业历史遗留问题的负担，企业缴纳的基本养老、医疗和失业三项保险费平均为工资总额的28％，个人缴费为11％，企业和农民工个人普遍感到负担太重。据原劳动和社会保障部抽样调查，1998年全国制造业企业缴纳的社会保险费相当于人均工资总额的27.4％，占其人工成本的17.4％，而人工成本总额相当于成本费用总额的12.9％。也就是说，企业参加社会保险将增加其总成本约2.24个百分点。由于费率过高，形成了高门槛，影响了单位和农民工个人参保的积极性。
2.社会保险关系接续难。养老和医疗等主要的社会保险制度被分割在2000多个统筹单位(多为县市级统筹)内运行，各统筹单位之间政策不统一，难以互联互通，养老保险关系无法转移接续。现行转移政策以及管理手段不适应农民频繁流动的需要。农民工流动性大，不仅在同一个城市频繁地变动工作岗位，而且还经常跨地域流动，以及阶段性转入非农领域就业。由于外来农民工一般来自不发达地区，其户口所在地的农村社会养老保险制度一般没有建立，已经建立的也还很不健全。一旦他们离开原工作的城市，其养老保险个人账户难以转回原籍，农民工的社保关系转移困难。
3.退保实际上损害了农民工权益。由于现行政策允许农民工退保，结果导致农民工流动时反复参保、退保，有的甚至在同一地区更换工作单位时也先退保、再参保。广东省有的地区农民工退保率达95％以上。退保使农民工只参保、不受惠，不仅直接损害了农民工享受社会保障的对等权益，而且反过来又影响了用人单位的参保积极性。这种状况也影响了政府的形象。
